La participación de Fernández-Capalleja en la guerra civil fue determinante. Al frente de sus Regulares, rompió el cerdo de Oviedo, en octubre de 1937; rompió poco después del cinturón de hierro de Bilbao; participó en la caída del Frente Norte liberando los santos lugares de Nuestra Señora de Covadonga y participó en la batalla decisiva de nuestra guerra, la del Ebro, cruzando el río en la localidad de Quintos, acción que los especialistas consideran una gesta destacable del ejército nacional.
Ascendido a coronel, y con una medalla militar individual y otra colectiva, fue destinado al mando del GFRI Alhucemas número 5, su unidad, con acuartelamiento en Segangan, Marruecos, antiguo Protectorado español, donde hizo un variado despliegue de disposiciones hasta convertir el acuartelamiento en un modelo a seguir. Esta labor la continuó también como director de la novena promoción de la Academia General Militar.
Fernández-Capalleja falleció en 1954, a los 52 años. El cáncer logró lo que no había conseguido la guerra ni en África ni en España. Mandaba entonces la División de Montaña. Su Hoja de Servicios lo identifica plenamente con el decálogo del soldado, un documento elaborado en los años noventa que define las virtudes de un soldado actual. En el frente de Asturias, los milicianos le gritaban invitándole a unirse al ejército republicano, una anécdota que seguramente desconocen los defensores de la Memoria Democrática que se pretende imponer ahora.
